Ссылки в блоке "НАВИГАЦИЯ"
 

как изменить ссылки в блоке навигация? или лучше подскажите, как написать новый блок наподобие навигации, но со своим ссылками?

создавайте обычный блок на хтмл

Проще всего действительно написать новый блок навигации. Создать его можно двумя способами:
1. Через админ. панель своего сайта.
2. Написать блок навигации в php. В этом случае настоятельно советую ознакомится с документацией на nukefiles.ru.

Успехов!

P.S. Кстати, http://forum.mynuke.ru/showthread.php?t=2446.

Ссылки в блоке "НАВИГАЦИЯ"
 

можно ли создать в блоке флеш-меню? и если это возможно, то как это сделать?

Если у вас имеется готовое меню с расширением swf, то проблем не должно возникнуть. Необходимо создать пустой блок, и поместить в него html текст с кодом флешки.