Если не поможет, то в theme.php убрать:
$tmpl_file = "themes/тема/header.html";
$thefile = implode("", file($tmpl_file));
$thefile = addslashes($thefile);
$thefile = "\$r_file=\"".$thefile."\";";
eval($thefile);
print $r_file;
и поставить:
include "themes/тема/header.html";

Иначе не в хедере, ни в футере ниодин яваскрипт работать не будет, включая счетчики.

Но такой заменой не будут работать переменные в хтмл, поэтому их выводить надо так:
<?php echo $переменная; ?>