Я читал замечание Sonics'a выше но всё же напишу.
Для того чтобы изменить файлы нужно либополомоть весь сервер(что мало вероятно), или куда более распространённый случай использование веб-шеллов. Веб-шелл - это такой скрипт (как правило на РНР) поместив который в директорию можно выолнять любые команды. Например: я получил доступ к админке, зашёл раздел со смайлами и загрузил свой. Вместо смайлика разумеется коварный скрипт. Это разумеется если не стоит достаточная проверка на расширение загружаемых файлов. Это только пример, но основной приницип именно таков.