Это не трудно сделать в принципе возьмите прогу Macromedia Dreamweaver (я такой пользуюсь) сделайте поиск автоматический по всем файлам modules.php и авто замену на index.php а потом содержимое modules.php нужно правильно вставить в файл index.php как конкретно вставлять это можно посмотреть на примере slaed cms там это давно уже реализовано только проблемы будут с тем что при установке новых модов надо будет постоянно менять ссылки modules.php на index.php а так в принципе нечего сложного нету.