Так вот оно что! Теперь поняла что вам нужно

Тут система не сложная: все ваши php файлы интегрируйте под модули (каким образом, я уже давала вам ссылку на уроки по созданию модулей).
Потом залейте все ваши модули в нужную директорию:
корень_phpNuke/modules/
и включите в админ. панели, в разделе "модули".
Всё! Успехов в интегрировании