ARW смотрите путь инклуда верен ли он, путь в модулях идут от корня, т.е. там где находятся папка modules includes admin и т.д.
это раз, второй вопрос, как говорил Alexander-V-Sh, видимо в файле скрипта admin/kernel.php происходит подключение, оно в принципе не может как то отрицательно повлиять на работу скрипта, но лучше когда подключение происходит одно к бд, т.е. придется его убрать и переписать (если желание будет) все запросы типа mysql_query и д.р. на нюковские, соответственно все таблицы должны быть в той же бд где и сама nuke иначе, оставляем подключение к бд. Включайте вывод ошибок на экран и отслеживайте их.