Для начала скажите, какие версии Nuke/PHP/MySQL у вас стоят? Работает ли PHPMyAdmin до/после перезапуска?
На месте ли база данных нюка (смотрите через PHPMyAdmin/cmd/прямо в папке с БД (usr/local/ваша_mysql/data/имя_БД))?
Если с базой все в порядке, смотрите ваш конфиг. Может, вы нечаянно файл изменили....
ЗЫ
Не может сервер сам сломаться от перезапуска. Что-то вы не так делаете!