тыкаешь табличку nuke_modules - справа откроется ее структура.
затем вверху в правом окне выбираешь обзор
в столбце title перечислены названия модулей
ставишь галки напротив ненужных записей и внизу найдешь C отмечеными:
жми крестик - удалить.

проделай это для каждого модуля в отдельности - так вернее будет. В крайнем случае, если что-то лишнее удалишь, нюк сам вставит записи в БД, но придется заново астраивать параметры соответствующего модуля в управлении модулями.