Делайте тему полностью в файле theme.php, а если подключаете хтмл файл, то делайте это инклюдом, а не как в теме. Это уже обсуждалось тут...

видите что у вас получается, например:

onmouseout="ypSlideOutMenu.hideMenu(\'menu1\')"

а должно быть так:

onmouseout="ypSlideOutMenu.hideMenu('menu1')"

Ставится слеш и не работает скрипт.