выдержка из моего конфига:
[client]
.......
default-character-set = cp1251
character-sets-dir = /usr/local/mysql5/share/charsets
........

[mysqld]
........
default-character-set = cp1251
init-connect = "set names cp1251"
........

у меня с 5-й версией мускула такие же траблы были, пока это в конфиг не вбил