Tercio скорее всего вы не очень "уловили" структуру нюки: она состоит из исполняющих файлов, которые каждый отвечает за отдельную функцию - это так сказать модули, блоки, адинистративные файлы, у них структура вывода строго определена, например модуль Новостей News он выводит новости, т.е берет из базы текст новостей и публикует их на сайте, а в каком виде эти новости будут выводится, это уже все будет зависеть от самой темы нюки. А в теме вы указываете как должны выводится блоки, верхняя часть сайта, нижняя, вывод новостей и другое, например на каком фоне должны быть блоки и т.д. тема задает правило вывода отдельных кусков сайта, а уже эти куски сайтов используют модули, блоки, админка и т.д....
Даже и не знаю как еще объяснить