у менялично не стоит Disallow: /modules/ и внутренние страницы нормально индексируются, хотя я лично думаю если бы сайт открывался таким образом site.ru/modules/page.html - такие однозначно не индексировались при таком условии... а так как открывается через modules.php - может и не влиять, хотя ХЗ ))) Мож сайт у тебя работает всего месяц... )))