В админ панели есть раздел "Свойства", а там есть что-то типа подписи или в этом вроде (текст отображаемый внизу страницы), так вот можно вставить этот скрипт именно туда. Тогда твой счётчик будет внизу каждой страницы.

Или вставляй в файл theme\index.php в то место где тебе нужен счётчик.

Или можешь всунуть в sample_block.
Всё зависит от желания и соображалки.