king с какой верссии вы собрались обновлять?
а так все просто:
1. Копируете все файлы из папки html в папку со старой нюкой, заменяя имеющиеся.
2. Идем в папку скаченного вами архива upgrades
копируете от туда те файлы, которые вам нужны в корень дирректории с нюкой, и запускаем их по очереди (по одному разу!), например:
у вас php-nuke7.3 и вам надо обновить до 7,8, для этого вы должны скопировать и запустить по очереди вот эти файлы:
upgrade73-74.php
upgrade74-75.php
upgrade75-76.php
upgrade76-77.php
upgrade77-78.php
3. Удалить эти файлы после запуска и не забыть заново настроить конфиг файл!
После этого ваша система будет обновленна