Eugenek попытаюсь объяснить.
когда ты делаешь экспорт таблицы, тот же дамп, если посмотреть файл дампа, то там ты увидишь запросы на создание таблиц в БД и запросы добавления данных в эти таблицы.
и поэтому, когда ты делаешь импорт всей базы ты получаешь ошибку, что такая-то таблица уже существует. тебе надо сделать так чтобы в дампе содержались запросы только добавления данных и притом новых, тех которых еще нет. Это все зависит от того добавляете ли вы новые записи в БД или же обновляете старые. Конечно можно попробовать другой вариант:
phpmyadmin -> Экспорт -> Снимите галки с "Структура" -> поставьте галку "Игнорировать вставки" -> в поле "Экспорт" выберите нужные таблицы -> Пошел

в результате получите дамп, попробуйте его импортировать в основную БД.