Спасибо Soniks, кажется что-то начало проясняться, запросы на создание таблиц я действительно видел, я даже пробовал галочку метить в chek-box "Добавить IF NOT EXISTS".
Процентов 97, это добавление новых данных, изменяется что-то редко, да и если изменять, можно на месте руками.
Попробую вариант с "Игнорировать вставки", я просто не понимал что это означает, а тип экспорта я так понимаю "INSERT".
Сейчас попробую, потом отпишу, что получилось.

Ну что Soniks. очередной тебе Respect!
Как ты и написал сделал так, phpmyadmin -> Экспорт -> Снять галку с "Структура" -> поставить галку "Игнорировать вставки" -> в поле "Экспорт" выберите нужные таблицы -> Пошел

Я выбирал все таблицы для пущей проверки и тип экспорта "INSERT", действительно новые данные появились, а старая инфа осталось "новой".

Еще раз спасибо!