Andruha ну как нет, от части у вас заработало, на вашем сайте видно, например ссылка на детали файла. дальше делаете следующее. Находите не обработанную ссылку гуглификатором, например: gate.html?name=Downloads&d_op=viewdownload&cid=18
открываем html код странице, где эта ссылка находится (downloads.html) и смотрим эту ссылку, видим:

gate.html?name=Downloads&d_op=viewdownload&cid=18

Открываете header.php ищите похоже этому:

gate.html?name=Downloads&d_op=viewdownload

находим мы там строчку:

"'(?<!/)gate.html\?name=Downloads&amp;d_op=viewdownload&amp;cid=([0-9]*)'",

Эти строчки должны по структуре совпасть, с тем что мы нашли в html коде (жирным красным цветом показоно совпадения и отличия).
Далее в этой строчке изменяем первый &amp; на &, получается:

"'(?<!/)gate.html\?name=Downloads&d_op=viewdownload&amp;cid=([0-9]*)'",

сохраняем смотрим! таким образом подгоняем все необработанные ссылки.

P.S.: для браузера в сылке &amp; = & и ему всеравно, а вот скрипту нет, т.к. он сверяет символы.