Lord Freeman при каждой новой создании нюки вы должны менять превиксы баз, т.е. у каждой нюке свои таблицы:
скажем у одной нюке префикс main (и $user_prefix тоже)
у другой main2 (все кроме _users он должен быть main) и соответственно в config.php этой нюке надо указать $user_prefix = "main";