modules.php?name=data - так запускается файл index.php который находится в папке modules/data/
modules.php?name=data&file=имя_файла - запускается указанный файл который находится в той же папке, обратите внимание, что имя файла пишется без расширения .php, например modules.php?name=data&file=pic - идет вызов файла pic.php