Есть только admin/modules/backup.php. А что нужно смотреть там? И почему он вообще мог измениться, если я работал только с модулем Html-контент (наполнял сайт инфой)?

Файла admin/links/links.backup.php нет и в более ранних версиях сайта, хотя иконка "Сохранить БД" была.