Wind данный редактор выравнивает при помощи тега <p>, можно похимичить в конфиге fckconfig.js с
Код:
FCKConfig.FontFormats = 'p;div;pre;address;h1;h2;h3;h4;h5;h6' ;
убрав например от сюда p;
так же обратитесь к документации
http://wiki.fckeditor.net/FCKeditor
на крайний случай можно стилями настроить тег <p>