вот это условие:
($side != "c" && $side != "d") - запрещает вывод блоков центральных, а вот это
(($side == "c" || $side == "d") && ($file == "index" || $home == 1)) - разрешает вывод только на главной странице и индекстной странице разрешенного модуля,
так что работать все должно, если конечно у вас все переменные которые здесь используються обьявлены как глобальные.