PHP теперь будет не как модуль Apache а как CGI, также на сервере установлен Suexec, который позволит выполнять php процессы именно от вашего пользователя, а не от пользователя
nobody. Мы установим на все ваши файлы и папки (если, конечно, это
потребуется) права доступа 750 или 755 (или любые другие по Вашему требованию).
Также к вам в каталог добавили файл настройки php.ini. Вы сможете настроить php именно под свой сайт.

Вот он и ответил, что не может ручаться за правильность и безопасность работы самих программ, т.к. это зависит от ПО, а не от хостинга.
А вот обеспечить условия, которые необходимы для правильной и безопасной работы ПО на его сервере он обязуется, только условия эти диктуются программой ( в данном случае phpnuke ), а не хостингом.
Т.е. если для нормальной работы phpnuke требуются права 777, позволяющие любому прохожему изменять по своему усмотрению содержимое сайта, то каким образом может повлиять на это хостер??! Защитить файлы?- тогда программа не будет работать. Ну и т.д.
Таким образом вопрос остаётся пока открытым