Andy все прекрасно обновляется, недавно обновлял с 6-ой версии до 7,6 все обновилось, тока после обновлений останутся не нужные файлы (они были перемещены или вовсе удалены в новых версиях) особенно из папке admin, так что лучше всего это удалить все файлы старой нюки (можно только оставить файлы сторонних модулей) и залить файлы новой нюки, так будет вернее, и уже потом производить поочередной запуск файлов обновлений бд...