я бы например, полностью перезалил весь сайт или сравнивал даты изменения файлов.
плюс проверил все директории.

а вообще то врядли что то во внутрь залили. поэтому, имхо, достаточно удалить трояна, сделать защиту (чтобы больше не пролез).
а на сайте заменить индекс, майнфайл, ну и тему можно.

думаю этого будет достаточно.