Ну это дело поправимо
Причину того почему модули в админке не работают вы нашли сами:

Всё потому, что в вышеупомянутых модулях путь прописан не через переменную $admin_file, а напрямую.
Как устранить:
У каждого модуля есть 3 файла как минимум case, links и index или его название. В этих файлах поиском обычнгого редактора находим все строки с /admin.php и заменяем их на ".$admin_file." Так-же не забудте добавить эту переменную в глобаль функции.