У меня было что-то подобное. Накачал кучу тем. Поместил их в папку themes. И никакой реакции. Nuke их начисто игнорирует. Сравнив работоспособную стандартную тему с новой, обнаружил:
- в стандартной теме файл theme.php и другие лежат непосредственно в папке;
- в скачанной теме файл theme.php и другие лежат глубже, в подпапке. Причём и папка и её подпапка называются одинаково.
Но если стандартная тема работает, а скачанная не работает, нужно неработающую привести к виду работающей. Вырезал содержимое подпапки и вставил в папку, разрешив Windows слить две папки в одну.
Теперь с доработанными таким образом темами Nuke сотрудничает.