ну чтож, я в ручную в nuke.sql правлю префиксы, прежде чем ее в базу запихать, у главной делаю префикс main_ а у остальных другие(например games_ и тд)(всего я ставил 4 нюки) потом запихиваю это все в базу(например "site").
потом в конфигах всех нюк прописываю название БД и префиксы для баз(для каждой нюки разные) и для таблицы users ставлю префикс main.
расположение нюк такое: главная нюка и в папке с ней лежат папки с другими нюками(напримертак: htdocs\(главная нюка располагается в ней) htdocs\games(подсайт по играм) и тд.)
вроде все... :)