Обычно, чтобы каждый раз не писать подключение делуют одно подключение (код подключение), заганяют в переменную, и как ты правильно сказал, через эту переменную уже делают запросы в БД.

Не совсем понимаю, что ты вконце хочешь сделать...
Вообще, всеравно вышел ты из корня или нет, ведь скрипту всегда можно написать прямой путь к инклудовскому файлу, например /homr/user/tram/www/. и если в твой скрипт включены те же самые инклуды что и, скажем в форуме, то ты также можешь использовать тежи самые переменные, а если не хочится возится или лень, то можно сделать как я указал выше, просто тогда будет уже скажем два подключения к БД! Все конечно зависит, от того что ты хочешь сделать...