Скажите пожалуйста, где можно прочитать про лог-файлы, как они ведутся и где находятся для PHP Nuke? Для нюки это отдельные модули или всё уже находится в ней самой?

Flip к сожелению у nuke нет никаких логов, имееться логи только самого сервера, где они могут находиться зависит от структуры сервера.